Das größte Bauwerk auf dem Kalvarienberg ist die weithin sichtbare Heilig-Kreuz-Kirche. Die zuvor entstandene Heilige Stiege wurde ab 1723 mit einer Kirche überbaut. Davor entstand die 1726 geweihte Kreuzkirche. Diese beiden Kirchen wurden schließlich vereint und bilden seither eine Doppelkirche. 1732 wurden die beiden Fassadentürme mit oktogonalen Obergeschossen erbaut und der Kreuzhügel daneben aufgeschüttet. Die Turmhelme schuf Hieronymus Weber 1757. Von 1763 bis 1804 beherbergte der östliche Anbau der Kirche ein Eremitenkloster. Die verschiedenen Bauabschnitte des langgestreckten Gebäudes sind heute gut ablesbar.
Die sich nördlich anschließende, überbaute Hl. Stiege besitzt rundbogige Fenster, dreiseitig geschlossene Chorkapellen und eine Flachdecke mit schräger Voute. Wie das römische Vorbild umfasst die Stiege 28 Stufen, bei zwei Seitentreppen und dem großen Mittelteil, der jedoch nur dem Gebet auf Knien vorbehalten ist. Das Obergeschoss umgibt eine Empore, die Rankenstukkaturen stammen von 1726. Das lange Hauptfresko der Auferstehung Christi schufen 1813 Franz Anton Fröhlich und Matthias Schmaunz nach einem Entwurf von Joseph Hauber. Das Kapellenfresko der Hl. Dreifaltigkeit aus den 1720er Jahren wurde 1813 ebenfalls von Fröhlich überarbeitet. Der Altar lässt sich ebenfalls auf 1726 datieren, weitere Figuren auf die Zeit bis 1760. Unter der Hl. Stiege liegt die Gruft von Friedrich Nockher. Fresken ehren ihn und sein Lebenswerk.
Der Mittelabschnitt zur Kreuzkirche zeigt dreifache Reihen unterschiedlicher Fensterformen und risalitartige Fassaden. Die Kreuzkirche gliedert sich durch je drei Bogenstellungen an den vier Seiten. Im Vorraum zeigt sich eine Orgelempore, nördlich ein erhöhter Chor mit Kreuzaltar und darunter die Grabkapelle. An beiden Seiten befinden sich Treppenabgänge zur Hl. Stiege, das Obergeschoss dient als Oratorium. Darunter befindet sich die Eremitengruft. Fresken wurden dort 1785 von Joseph Matthäus Ott geschaffen, das Chorfresko 1880 durch Joseph Sattler erneuert. Aus demselben Jahr stammt der Hochaltar mit Kreuzreliquie. Zwei Seitenaltäre dienen als Reliquienschreine für die Heiligen Regina und Thekla.